Auf dieser Orgel wurden die G´ttesdienste begleitet. Ihr Einbau war eine Neuerung mit großer Symbolkraft. In orthodoxen Synagogen gibt es keine Orgel.

Die rechtliche Gleichstellung der Jüdinnen und Juden im 19. Jahrhundert führte zu einer Liberalisierung in vielen Gemeinden. Bei der Reform ihres G´ttesdienstes übernahmen sie auch kirchliche Elemente wie die Orgel. 
In Erfurt zeigte sich der Wunsch nach Modernisierung schon 1840 bei der Einweihung der kleineren Vorgänger-Synagoge. Der Rabbiner hielt die Festpredigt erstmals auf Deutsch und im Festg´ttesdienst trat ein Chor auf. Bei der Planung der Großen Synagoge regten viele Gemeindemitglieder eine weitere Veränderung an. Sie sprachen sich für den Einbau einer Orgel, die Beschäftigung eines Organisten und für einen Chor aus Frauen und Männern aus. Die Gemeinde veränderte auch ihre G´ttesdienstordnung. Nun sollte die Predigt immer auf Deutsch gehalten werden.

Konflikte
Das führte zu inneren Konflikten, denn nicht alle Gemeindemitglieder akzeptierten die liberalen Positionen. Auch Dr. Theodor Kroner, der gerade erst als Rabbiner in Erfurt angefangen hatte, sprach sich gegen die Neuerungen aus. An die zehn orthodoxen Familien beschlossen, einen eigenen G´ttesdienst an einem anderen Ort abzuhalten und sich nicht an der Finanzierung der Synagoge zu beteiligen. Die Gemeinde musste eine Spaltung und das Scheitern ihres Neubauprojektes befürchten. Doch Bemühungen um Verständigung hatten schließlich Erfolg. Die orthodoxen Familien kehrten in die Synagoge zurück. Der Erfolg, die Gemeinde schrittweise zu reformieren, ohne ihre Einheit zu gefährden, ist sicher auch dem damaligen Vorsitzenden Isaac Lamm zu verdanken. Er gehörte dem Vorstand von 1863 bis zu seinem Tode 1905 an, darunter Jahrzehnte als Vorsitzender. Die Synagogengemeinde würdigte seine großen Verdienste in einer Festschrift zu seinem 70. Geburtstag 1895. Auch im Wirtschaftsleben der Stadt spielte er eine wichtige Rolle. Der bedeutende Fabrikant gilt als Begründer der Erfurter Damenmäntelindustrie.