Die ersten hebräischen Drucke der ThULB Jena finden sich in deren Gründungsbestand, der Wittenberger Bibliotheca Electoralis, darunter die erste Rabbinerbibel. Einige Bände waren für den persönlichen Gebrauch Kurfürst Johann Friedrichs des Großmütigen bestimmt; sie tragen auf dem Einband sein Bildnis. Das Exemplar seines Talmuds aus der Offizin von Daniel Bom­berg wurde in der 2. Hälfte des 19. Jh. in die USA verkauft. 1549 gelangte der größte Teil der Bibliotheca Electoralis über Weimar nach Jena. Die große hebräische Bibelhand­schrift Ms. El. f. 6 wird im frühesten Jenaer Katalog besonders hervorgehoben.

Vermutlich in der ersten Hälfte des 17. Jh. kamen drei seltene jüdisch-deut­sche Drucke, das Melókhim- und Schemuel Bukh (Augsburg 1543/44) und das Buch Josippon (Prag 1607), an die Jenaer Bib­lio­thek. Der Bestand rabbini­scher Literatur wuchs vor allem durch Zugänge aus den Bibliotheken Jenaer Universitäts­profes­so­­ren. Den bei wei­tem größten und wertvollsten Zu­wachs hebräischer Drucke und Handschriften brachte die 1728 angekaufte Gelehrten­bibliothek des Orientalisten und Theologen Johann Andreas Danz. Die Bibliotheca Rabbinica der Bibliotheca Danziana umfasst über 400 Titel und enthält neben rabbinischen Schriften weitere jüdische Literatur und jüdisch-deutsche Drucke aus dem 16.–18. Jh. Danz‘ hebräi­sche Handschrif­ten stammen teils aus der sogenannten Türkenbeute von Buda.

1817/24 wurde der Jenaer Bibliotheksbestand in einer neuen Aufstellungssystematik vereint. Das dem Judentum zugeordnete Schrifttum erhielt die Fachgruppe Rabbinica (auch als Sammlung Rabbinica bezeichnet). Durch den Leipziger Oberrabbiner Nathan Porges, der ab etwa 1916 mehrfach Drucke aus der Rabbinica-Sammlung eintauschte, kam unter anderem das seltene kabbalistische Werk Tappuche Zahav (Thiengen 1560) an die Bibliothek. Der jüngste Zugang ist ein Torafragment, das 1972 für die Theologische Fakultät angekauft wurde.

Ein eigener Ausstellungskomplex ist hebräischen Hand­schriftenfragmenten gewidmet, die in Einbänden verarbeitet wurden. Hier findet sich das älteste Exponat, ein Blatt aus einem Machsor (Gebetbuch für die Feiertage) des 13. Jh., das in einer Inkunabel der Bibliotheca Electoralis eingebun­den ist.